در دوره امامت امام محمد باقر ( ع ) و فرزندش امام جعفر صادق ( ع ) مسائلی مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سرداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و دیگران مطرح است ، ترجمه کتابهای فلسفی و مجادلات کلامی در این دوره پیش می آید ، و عده ای از مشایخ صوفیه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پیدا می شوند . قاضیها و متکلمانی به دلخواه مقامات رسمی و صاحب قدرتان پدید می آیند و فقه و قضاء و عقاید و کلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسیر می نماید ، و تعلیمات قرآنی - به ویژه مسأله امامت و ولایت را ، که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا ، افکار بسیاری از حق طلبان را به حقانیت آل علی ( ع ) متوجه کرده بود ، و پرده از چهره زشت ستمکاران اموی و دین به دنیا فروشان برگرفته بود ، به انحراف می کشاندند و احادیث نبوی را در بوته فراموشی قرار می دادند . برخی نیز احادیثی به نفع دستگاه حاکم جعل کرده و یا مشغول جعل بودند و یا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون می نمودند .
اینها عواملی بود بسیار خطرناک که باید حافظان و نگهبانان دین در برابر آنها بایستند . بدین جهت امام محمد باقر ( ع ) و پس از وی امام جعفر صادق ( ع ) از موقعیت مساعد روزگار سیاسی ، برای نشر تعلیمات اصیل اسلامی و معارف حقه بهره جستند ، و دانشگاه تشیع و علوم اسلامی را پایه ریزی نمودند.

زیرا این امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقیقی تعلیمات پیامبر ( ص ) و ناموس و قانون عدالت بودند ، و می بایست به تربیت شاگردانی عالم و عامل و یارانی شایسته و فداکار دست یازند ، و فقه آل محمد ( ص ) را جمع و تدوین و تدریس کنند . به همین جهت محضر امام باقر ( ع ) مرکز علماء و دانشمندان و راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بود . در مکتب تربیتی امام باقر ( ع ) علم و فضیلت به مردم آموخته می شد .
امام باقر ( ع ) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود . سیرت و صورتش ستوده بود . پیوسته لباس تمیز و نو می پوشید . در کمال وقار و شکوه حرکت می فرمود .
از آن حضرت می پرسیدند : جدت لباس کهنه و کم ارزش می پوشید ، تو چرا لباس فاخر بر تن می کنی ؟ پاسخ می داد : مقتضای تقوای جدم و فرمانداری آن روز ، که محرومان و فقرا و تهیدستان زیاد بودند ، چنان بود . من اگر آن لباس بپوشم در این انقلاب افکار ، نمی توانم تعظیم شعائر دین کنم .
امام پنجم ( ع ) بسیار گشاده رو و با مؤمنان و دوستان خوش برخورد بود .
با همه اصحاب مصافحه می کرد و دیگران را نیز بدین کار تشویق می فرمود . در ضمن سخنانش می فرمود : مصافحه کردن کدورتهای درونی را از بین می برد و گناهان دو طرف - همچون برگ درختان در فصل خزان - می ریزد . امام باقر ( ع ) در صدقات و بخشش و آداب اسلامی مانند دستگیری از نیازمندان و تشییع جنازه مؤمنین و عیادت از بیماران و رعایت ادب و آداب و سنن دینی ، کمال مواظبت را داشت .
می خواست سنتهای جدش رسول الله ( ص ) را عملا در بین مردم زنده کند و مکارم اخلاقی را به مردم تعلیم نماید . در روزهای گرم برای رسیدگی به مزارع و نخلستانها بیرون می رفت ، و با کارگران و کشاورزان بیل می زد و زمین را برای کشت آماده می ساخت . آنچه از محصول کشاورزی - که با عرق جبین و کد یمین - به دست می آورد در راه خدا انفاق می فرمود .
بامداد که برای ادای نماز به مسجد جدش رسول الله ( ص ) می رفت ، پس از گزاردن فریضه ، مردم گرداگردش جمع می شدند و از انوار دانش و فضیلت او بهره مند می گشتند .
مدت بیست سال معاویه در شام و کارگزارانش در مرزهای دیگر اسلامی در واژگون جلوه دادن حقایق اسلامی - با زور و زر و تزویر و اجیر کردن عالمان خود فروخته - کوشش بسیار کردند .

ناچار حضرت سجاد ( ع ) و فرزند ارجمندش امام محمد باقر ( ع ) پس از واقعه جانگداز کربلا و ستمهای بی سابقه آل ابوسفیان ، که مردم به حقانیت اهل بیت عصمت ( ع ) توجه کردند ، در اصلاح عقاید مردم به ویژه در مسأله امامت و رهبری ، که تنها شایسته امام معصوم است ، سعی بلیغ کردند و معارف حقه اسلامی را - در جهات مختلف - به مردم تعلیم دادند تا کار نشر فقه و احکام اسلام به جایی رسید که فرزند گرامی آن امام ، حضرت امام جعفر صادق ( ع ) دانشگاهی با چهار هزار شاگرد پایه گذاری نمود ، و احادیث و تعلیمات اسلامی را در اکناف و اطراف جهان آن روز اسلام انتشار داد . امام سجاد ( ع ) با زبان دعا و مناجات و یادآوری از مظالم اموی و امر به معروف و نهی از منکر و امام باقر ( ع ) با تشکیل حلقه های درس ، زمینه این امر مهم را فراهم نمود و مسائل لازم دینی را برای مردم روشن فرمود . رسول اکرم اسلام ( ص ) در پرتو چشم واقع بین و با روشن بینی وحی الهی وظایفی را که فرزندان و اهل بیت گرامی اش در آینده انجام خواهند داد و نقشی را که در شناخت و شناساندن معارف حقه به عهده خواهند داشت ، ضمن احادیثی که از آن حضرت روایت شده ، تعیین فرموده است .

چنان که در این حدیث آمده است :
روزی جابر بن عبدالله انصاری که در آخر عمر دو چشم جهان بینش تاریک شده بود به محضر حضرت سجاد ( ع ) شرفیاب شد . صدای کودکی را شنید ، پرسید کیستی ؟ گفت من محمد بن علی بن الحسینم ، جابر گفت : نزدیک بیا ، سپس دست او را گرفت و بوسید و عرض کرد : روزی خدمت جدت رسول خدا ( ص ) بودم . فرمود : شاید زنده بمانی و محمد بن علی بن الحسین که یکی از اولاد من است ملاقات کنی . سلام من را به او برسان و بگو : خدا به تو نور حکمت دهد . علم و دین را نشر بده . امام پنجم هم به امر جدش قیام کرد و در تمام مدت عمر به نشر علم و معارف دینی و تعلیم حقایق قرآنی و احادیث نبوی ( ص ) پرداخت .
نام نامی آن حضرت با دهها و صدها حدیث و روایت و کلمات قصار و اندرزهایی همراه است ، که به ویژه در 19سال امامت برای ارشاد مستعدان و دانش اندوزان و شاگردان شایسته خود بیان فرموده است . بنا به روایاتی که نقل شده است ، در هیچ مکتب و محضری دانشمندان خاضعتر و خاشعتر از محضر محمد بن علی ( ع ) نبوده اند .
در زمان امیرالمؤمنین علی ( ع ) گوئیا ، مقام علم و ارزش دانش هنوز - چنان که باید - بر مردم روشن نبود ، گویا مسلمانان هنوز قدم از تنگنای حیات مادی بیرون ننهاده و از زلال دانش علوی جامی ننوشیده بودند ، و در کنار دریای بیکران وجود علی ( ع ) تشنه لب بودند و جز عده ای معدود قدر چونان گوهری را نمی دانستند . بی جهت نبود که مولای متقیان بارها می فرمود : سلونی قبل از تفقدونی "پیش از آنکه من را از دست بدهید از من بپرسید . " و بارها می گفت : من به راههای آسمان از راههای زمین آشناترم .

ولی کو آن گوهرشناسی که قدر گوهر وجود علی را بداند ؟ اما به تدریج ، به ویژه در زمان امام محمد باقر ( ع ) مردم کم کم لذت علوم اهل بیت و معارف اسلامی را درک می کردند ، و مانند تشنه لبی که سالها از لذات آب گوارا محروم مانده و یا قدر آن را ندانسته باشد ، زلال گوارای دانش امام باقر ( ع ) را دریافتند و تسلیم مقام علمی امام ( ع ) شدند ، و به قول یکی از مورخان : " مسلمانان در این هنگام از میدان جنگ و لشکر کشی متوجه فتح دروازه های علم و فرهنگ شدند " . امام باقر ( ع ) نیز چون زمینه قیام بالسیف ( قیام مسلحانه ) در آن زمان - به علت خفقان فراوان و کمبود حماسه آفرینان - فراهم نبود ، از این رو ، نشر معارف اسلام و فعالیت علمی را و هم مبارزه عقیدتی و معنوی با سازمان حکومت اموی را ، از این طریق مناسب تر می دید ، و چون حقوق اسلام هنوز یک دوره کامل و مفصل تدریس نشده بود ، به فعالیتهای ثمر بخش علمی در این زمینه پرداخت . اما بدین خاطر که نفس شخصیت امام و سیر تعلیمات او - در ابعاد و مرزهای مختلف - بر ضرر حکومت بود ، مورد اذیت و ایذاء دستگاه قرار می گرفت .
دستگاه خلافت آنجا که پای مصالح حکومتی پیش می آمد و احساس می کردند امام ( ع ) نقاب از چهره ظالمانه دستگاه برمی گیرد و خط صحیح را در شناخت " امام معصوم ( ع ) " و امامت که دنباله خط " رسالت " و بالاخره " حکومت الله " است تعلیم می دهد ، تکان می خوردند و دست به ایذاء و آزار و شکنجه امام ( ع ) می زدند و گاه به زجر و حبس و تبعید ...
برای شناخت این امر ، به بیان این واقعه که در تاریخ یاد شده است می پردازیم :
" در یکی از سالها که هشام بن عبدالملک ، خلیفه اموی ، به حج می آید ، جعفر بن محمد ، امام صادق ، در خدمت پدر خود ، امام محمد باقر ، نیز به حج می رفتند .

روزی در مکه ، حضرت صادق ، در مجمع عمومی سخنرانی می کند و در آن سخنرانی تأکید بر سر مسأله پیشوایی و امامت و اینکه پیشوایان بر حق و خلیفه های خدا در زمین ایشانند نه دیگران ، و اینکه سعادت اجتماعی و رستگاری در پیروی از ایشان است و بیعت با ایشان و ... نه دیگران . این سخنان که در بحبوحه قدرت هشام گفته می شود ، آن هم در مکه در موسم حج ، طنینی بزرگ می یابد و به گوش هشام می رسد. هشام در مکه جرأت نمی کند و به مصلحت خود نمی بیند که متعرض آنان شود . اما چون به دمشق می رسد ، مأمور به مدینه می فرستد و از فرماندار مدینه می خواهد که امام باقر ( ع ) و فرزندش را به دمشق روانه کند، و چنین می شود .
در محفلی که هشام برای توهین به امام ترتیب داده بود بر سر مقام رهبری و خلافت اسلامی با امام باقر ( ع ) سخن می گوید . امام باقر درباره رهبری رهبران بر حق و چگونگی اداره اجتماع اسلامی و اینکه رهبر یک اجتماع اسلامی باید چگونه باشد ، سخن می گوید.

اینها همه هشام را - که فاقد آن صفات بوده است و غاصب آن مقام - بیش از پیش ناراحت می کند . بعضی نوشته اند که : امام باقر را در دمشق به زندان افکند . و چون به او خبر می دهند که زندانیان دمشق مرید و معتقد به امام ( ع ) شده اند ، امام را رها می کند و به شتاب روانه مدینه می نماید . و پیکی سریع ، پیش از حرکت امام از دمشق ، می فرستد تا در آبادیها و شهرهای سر راه همه جا علیه آنان ( امام باقر و امام صادق - ع - ) تبلیغ کنند تا بدین گونه ، مردم با آنان تماس نگیرند و تحت تأثیر گفتار و رفتارشان واقع نشوند . با این وصف امام ( ع ) در این سفر ، از تماس با مردم - حتی مسیحیان - و روشن کردن آنان غفلت نمی ورزد.
حضرت امام محمد باقر ( ع ) 19سال و ده ماه پس از شهادت پدر بزرگوارش حضرت امام زین العابدین ( ع ) زندگی کرد و در تمام این مدت به انجام دادن وظایف خطیر امامت ، نشر و تبلیغ فرهنگ اسلامی ، تعلیم شاگردان ، رهبری اصحاب و مردم ، اجرا کردن سنتهای جد بزرگوارش در میان خلق ، متوجه کردن دستگاه غاصب حکومت به خط صحیح رهبری و راه نمودن به مردم در جهت شناخت رهبر واقعی و امام معصوم ، که تنها خلیفه راستین خدا و رسول ( ص ) در زمین است ، پرداخت و لحظه ای از این وظیفه غفلت نفرمود .
سرانجام در هفتم ذیحجه سال 114  هجری در سن 57 سالگی در مدینه با توطئه هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست . پیکر مقدسش را در قبرستان بقیع - کنار پدر بزرگوارش - به خاک سپردند.